GeneValorization - L'importance des gènes en un clin d'oeil
Date de dernière version : 01 janvier 2014
Responsable :
COHEN-BOULAKIA Sarah
L'ensemble des technologies à haut débit existant aujourd'hui permet d'étudier de nouveaux aspects de la biologie. Chacune fournit des informations fondamentales sur des milliers de gènes.
La plupart des laboratoires de recherche en biologie utilise ces technologies et identifie ainsi de façon quotidienne des listes de gènes d'intérêt particulier.
Face à la croissance exponentielle du nombre de publications pertinentes pour un ou plusieurs gènes, il devient de plus en en plus urgent d'aider les médecins et biologistes à accéder à l'ensemble des publications existantes pour un ensemble de gènes d'interet.
Ici, nous introduisons GeneValorization, un outil (application Java) qui vise à exploiter au mieux les efforts de text mining et data mining effectués sur les articles scientifiques.
GeneValorization donne rapidement un aperçu très clair et synthétique de la bibliographie disponible associée à une liste de gènes.
Nouveau (Septembre 2013)
Extraction automatique d'une liste de gènes à partir du filtre principal depuis PubMed Central ou l'EBI
Ajout de listes de gènes et mots clés par glisser-déplacer depuis vos fichiers
Ajout de gènes et mots clés par glisser-déplacer d'un texte sélectionné depuis une page web ou un fichier. (cf. ci contre)
Et toujours
Module de d'aide à la suppression d'ambiguité dans les noms de gènes
Prise en entrée d'identifiants EntrezGene
Association des mots clés fournis à des termes de l'ontologie MeSH
Extraction des ids d'EntrezGene correspondant aux noms de gènes fournis par l'utilisateur
...
Pour en savoir plus: http://www.bioguide-project.net/gv/
Logiciel
Activités de recherche
Intégration d'informations Bioinformatique
Membres
COHEN-BOULAKIA Sarah BRANCOTTE Bryan
Equipe Bioinformatique
