Le numéro de mars 2009 de Nature Genetics contient un article sur les causes génétiques de l'une des principales causes de décès, les maladies coronariennes : "Genome-wide haplotype association study identifies the SLC22A3-LPAL2-LPA gene cluster as a risk locus for coronary artery disease".
La grille EGEE a rendu possible le passage à l'échelle dans la puissance de calcul indispensable à ce résultat. «Jusqu'à tout récemment, nous nous sommes penchés sur une variation à la fois lors de la tentative de trouver de nouveaux gènes associés à la maladie ", a déclaré David Tregouet, le premier auteur. "Dans ce travail, nous utilisons une approche originale qui nous permet de regarder plusieurs variations à la fois. Ainsi, au lieu d'enquêter sur l'effet sur les risques de maladie cardiovasculaire des 378.000 marqueurs génétiques individuels disponibles dans ce projet, plus de 8,1 millions de combinaisons ont été testées. Ce grand nombre de calculs a été possible grâce à EGEE".

Ce travail est le fruit d'une collaboration internationale impliquant en particulier le Cardiogenics consortium, l'UMR Génétique épidémiologique et moléculaire des pathologies cardiovasculaires (INSERM et UPMC) et le LRI (CNRS et Université Paris-Sud).Les développements informatiques spécifiques à la grille ont été prototypés par un étudiant du master professionnel d'informatique de l'Université Paris-Sud, dans le cadre de la VO u-psud, puis exploités à grande échelle dans la VO Biomed. Au total, l'équivalent de deux années de travail sur un PC a été réalisé en moins de 45 jours.


Brief Communication abstract:
David-Alexandre Trégouët, Inke R König, Jeanette Erdmann, Alexandru Munteanu, Peter S Braund, Alistair S Hall, Anika Gros zlighennig, Patrick Linsel-Nitschke, Claire Perret, Maylis DeSuremain, Thomas Meitinger, Ben J Wright, Michael Preuss, Anthony J Balmforth, Stephen G Ball, Christa Meisinger, Cécile Germain, Alun Evans, Dominique Arveiler, Gérald Luc, Jean-Bernard Ruidavets, Caroline Morrison, Pim van der Harst, Stefan Schreiber, Katharina Neureuther, Arne Schäfer, Peter Bugert, Nour E El Mokhtari, Jürgen Schrezenmeir, Klaus Stark, Diana Rubin, H-Erich Wichmann, Christian Hengstenberg, Willem Ouwehand, Wellcome Trust Case Control Consortium, Cardiogenics Consortium, Andreas Ziegler, Laurence Tiret, John R Thompson, Francois Cambien, Heribert Schunkert & Nilesh J Samani

We identify the SLC22A3-LPAL2-LPA gene cluster as a strong susceptibility locus for coronary artery disease (CAD) through a genome-wide haplotype association (GWHA) study. This locus was not identified from previous genome-wide association (GWA) studies focused on univariate analyses of SNPs. The proposed approach may have wide utility for analyzing GWA data for other complex traits.

Nature Genetics 41, 283 - 285 (2009)
Published online: 8 February 2009 | doi:10.1038/ng.314



Activités de recherche
  [aucun]

Equipe
  [aucun]

Contact
  [aucun]